Integrated Islamic Lower Secondary School Gema Nurani adalah tingkat lanjutan setelah siswa lulus dari sekolah dasar. Pada tingkat ini siswa memasuki fase pencarian identitas, fase ini juga cukup berat bagi orang tua untuk menghadapi. Selama periode ini, seorang anak akan lebih berani dari sebelumnya, memiliki rasa ingin tahu yang tinggi tentang segala sesuatu dan mulai membuka diri.

Kehadiran Gema Nurani adalah medium atau wadah bagi orang tua untuk mempercayakan anak-anak mereka untuk mendapatkan pendidikan terbaik. Kecerdasan intelektual dan spiritual tentu dapat diasah dan dikembangkan lebih awal. Selain itu, membangun karakter melalui menanamkan 18 karakter positif, dan moral juga menjadi fokus bagi pendidik di sekolah. Berbagai program pendukung untuk pencapaian cita-cita ummat, visi misi PITH Gema Nurani, di antaranya adalah LTQ (Lembaga Tahfidz Quran) dengan metode Qiroati dan Tahfidz Class. Alhamdulillah, ada banyak prestasi sampai ke tingkat nasional. Program ini dilaksanakan di semua institusi mulai dari taman kanak-kanak, SD, dan sekolah menengah. Selain itu, kegiatan ekstrakurikuler selesai; futsal, pencak silat, taekwondo, bulutangkis, memanah, bola basket, robot, dan kegiatan ekstrakurikuler wajib yaitu kepanduan dan pendampingan.