Yayasan Asasi Indonesia didirikan pada tahun 1989 di Jakarta dan disahkan melalui Notaris FJ Mawati pada tanggal 8 Oktober 1989. Dari enam divisi yang dimiliki Yayasan Indonesia, Divisi Pendidikan dan Pelatihan melaksanakan program tersebut dengan mendirikan lembaga pendidikan yang dibentuk pada tanggal 10 November. Tahun 1989 di Bekasi melalui Surat Keputusan Nomor I.002/YAASIN/B/XI/1989 dikenal dengan nama Pendidikan Islam Terpadu Gema Nurani (PIT Gema Nurani).

Seiring berjalannya waktu, dalam rangka meningkatkan mutu pendidikan dan menjalin hubungan nasional dan internasional, Pendidikan Islam Terpadu Gema Nurani telah menjalin kerjasama dengan World Media Service (WMS) Education Content Expert Organization of Islamic Conference (OIC) dan menandatangani MoU pada tanggal 24 November , 2008 di Bekasi. Menggunakan Kurikulum Internasional Cambridge dan IGCSE O'Level. Selain itu Gema Nurani juga bekerjasama dengan sekolah terbaik asal Malaysia, Singapura dan Turki. Juga sekolah-sekolah besar dari Indonesia seperti Al Azhar, Perguruan Ar Rafi.